در تقویم جمهوری اسلامی ایران، اول رجب به عنوان روز ولادت آن حضرت ثبت شده است بیشتر مورخان گفته اند که سال تولد امام باقر علیه‌السلام ۵۷ قمرى بوده است. بنابراین ایشان چهار سال پیش از واقعه کربلا به دنیا آمد و همراه پدر بزرگوارش در این واقعه جانسوز حضور داشت.

پدرش امام على بن الحسین علیه‌السلام معروف به سجاد و زین العابدین، و مادرش فاطمه بنت الحسن المجتبى علیه‌السلام معروف به ام‌ الحسن و ام‌ عبدالله مى‌ باشند. چون نسب شریف امام محمدباقر علیه‌السلام هم از پدر و هم از مادر به امام امیرالمؤمنین علیه‌السلام و حضرت فاطمه سلام الله علیها مى‌ رسد، به ایشان علوى بین علویین و فاطمى بین فاطمیین گفته مى‌ شود. امام محمد بن على علیه‌السلام مکنى به ابوجعفر و ملقب به باقرالعلم و باقرالعلوم مى‌ باشد.

این امام همام پس از شهادت پدر ارجمندش امام زین العابدین علیه‌السلام در سال ۹۵ قمرى به مقام ولایت و امامت شیعیان نایل شد و پیروان اهل بیت علیهم‌السلام را در آن دریاى مواج سیاسى و نظامى عصر خویش و هرج و مرج‌ هاى آخر حکومت امویان به نیکى هدایت و رهبرى کرد.

با این که میان رحلت پیامبر صلی الله علیه و آله و تولد امام محمدباقر علیه‌السلام به مدت ۴۷ سال فاصله بود، در عین حال آن حضرت، سلام گرم و دلنشین پیامبر صلی الله علیه و آله را از سوى جابر بن عبدالله انصارى دریافت کرد. جابر بن عبدالله که یکى از یاران رسول خدا صلی الله علیه و آله و از محبان اهل بیت علیهم‌السلام بود در سنین کودکى و نوجوانى امام محمدباقر علیه‌السلام، وى را در آغوش گرفت و سلام پیامبر صلی الله علیه و آله را به وى ابلاغ کرد.

امام محمدباقر علیه‌السلام از آغاز زندگى تا شهادت خویش، با ۱۱ تن از خلفا معاصر بود که همه آنان، جز یکى، از طایفه خبیثه بنى‌ امیه بودند. سرانجام این امام همام در هفتم ذى الحجه و به روایتى در ربیع الاول سال ۱۱۴ قمرى در ۵۷ سالگى، به وسیله زهرى که ابراهیم بن ولید بن عبدالملک در ایام خلافت هشام بن عبدالملک به آن حضرت خورانیده بود به شهادت رسید و در قبرستان بقیع، در کنار پدرش امام زین العابدین علیه‌السلام و جد مادرى‌ اش امام حسن‌ علیه‌السلام به خاک سپرده شد.